W skład komendy oddziału wchodzą następujące komórki organizacyjne:
- Wydział Graniczny;
- Wydział Operacyjno-Śledczy;
- Wydział do Spraw Cudzoziemców;
- Wydział Organizacji i Promocji;
- Wydział Łączności i Informatyki;
- Wydział Kadr i Szkolenia;
- Pion Głównego Księgowego;
- Wydział Techniki i Zaopatrzenia;
- Wydział Zabezpieczenia Działań;
- Wydział Ochrony Informacji;
- Wydział Kontroli;
- Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej;
- Zespół Audytu Wewnętrznego;
- Służba Zdrowia Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Kętrzynie;
- Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców w Kętrzynie;
- Zepół Prasowy Komendanta W-MOSG.
Zespół Stanowisk Samodzielnych.
W terytorialnym zasięgu działania oddziału znajdują się następujące jednostki organizacyjne:
- Placówka Straży Granicznej w Braniewie
- Placówka Straży Granicznej w Grzechotkach
- Placówka Straży Granicznej w Górowie Iławeckim
- Placówka Straży Granicznej w Bezledach
- Placówka Straży Granicznej w Sępopolu
- Placówka Straży Granicznej w Barcianach
- Placówka Straży Granicznej w Węgorzewie
- Placówka Straży Granicznej w Baniach Mazurskich
- Placówka Straży Granicznej w Gołdapi
- Placówka Straży Granicznej w Dubeninkach
- Placówka Straży Granicznej w Olsztynie